อีกหนึ่งภาระกิจของห้องคลังโบราณวัตถุและห้องปฏิบัติการ คือ งานอนุรักษ์วัตถุพิพิธภัณฑ์ เมื่อวันที่ 24 เมษายน 2561 เจ้าหน้าที่ห้องคลังโบราณวัตถุและห้องปฏิบัติการ ได้ส่งมอบวัตถุจากพิพิธภัณฑ์ทหารเรือที่ได้ดำเนินการอนุรักษ์แล้วเสร็จ โดยมี นาวาเอกฉัตรชัย ศุกระศร (ผู้อำนวยการกองประวัติศาสตร์ กรมยุทธศึกษาทหารเรือ) และนาวาโทสงวน เกลียวรุ่งสวัสดิ์ (หัวหน้าแผนกพิพิธภัณฑ์)  เป็นผู้รับมอบ ณ พิพิธภัณฑ์ทหารเรือ กองประวัติศาสตร์ กรมยุทธศึกษาทหารเรือ จังหวัดสมุทรปราการ 

ทั้งนี้ พิพิธภัณฑ์ทหารเรือ กองประวัติศาสตร์ กรมยุทธศึกษาทหารเรือ ได้ขอความอนุเคราะห์มายัง สพร. เพื่อดำเนินการอนุรักษ์วัตถุพิพิธภัณฑ์ที่มีคุณค่าทางประวัติศาสตร์ของกองทัพเรือ จำนวน 12 รายการ สพร. ได้มอบหมายให้ห้องคลังโบราณวัตถุและห้องปฏิบัติการ ดำเนินการอนุรักษ์วัตถุพิพิธภัณฑ์ดังกล่าว

โดยการดำเนินงานอนุรักษ์ซ่อมแซม ได้เป็นไปตามบันทึกข้อตกลงความร่วมมือ (MOU) ระหว่างสถาบันพิพิธภัณฑ์การเรียนรู้แห่งชาติ (สพร.) กับ กองทัพเรือ กรมยุทธศึกษาทหารเรือ ลงวันที่ 14 มีนาคม 2559